Một trong những lý do là hợp đồng EPC ký kết ban đầu chưa hoàn chỉnh, thiếu chặt chẽ, Việt Nam chưa lường hết các yêu cầu kỹ thuật công nghệ.
Trong dự thảo báo cáo của Chính phủ gửi Quốc hội về dự án tuyến đường sắt Cát Linh – Hà Đông được các báo đăng tải, Bộ GTVT một lần nữa nêu rõ nguyên nhân dự án chậm tiến độ, đội vốn như: giải phóng mặt bằng chậm; quy định của Việt Nam về hình thức hợp đồng EPC (thiết kế, cung cấp thiết bị và thi công) chưa rõ ràng, có nhiều khác biệt với thông lệ quốc tế nên hợp đồng EPC ký kết ban đầu chưa hoàn chỉnh, thiếu chặt chẽ.
Bên cạnh đó, Việt Nam chưa lường hết các yêu cầu về kỹ thuật công nghệ. Các đơn vị tư vấn tham gia lập, thẩm tra dự án chưa có nhiều kinh nghiệm dẫn đến thiết kế cơ sở ban đầu sơ sài, chưa lường hết được quy mô, tính chất, công năng, phải điều chỉnh tại bước thiết kế kỹ thuật.
Từ đó, dự án phải điều chỉnh nhà ga tăng 2-3 tầng, điều chỉnh vật liệu vỏ tàu từ thép chịu khí hậu sang thép inox, thay đổi vị trí bãi đúc dầm… làm tăng tổng mức đầu tư lên 9.231 tỷ đồng (từ hơn 8.769 tỷ đồng lên hơn 18.001 tỷ đồng).
Bộ GTVT cho biết, vướng mắc chủ yếu của dự án hiện nay là công tác thanh toán và việc thực hiện ý kiến kết luận của Kiểm toán Nhà nước. Những vướng mắc này đã ảnh hưởng đến tiến độ công tác nghiệm thu, bàn giao đưa dự án vào khai thác.
Năm 2018, dự án được Kiểm toán Nhà nước thực hiện kiểm toán hoạt động xây dựng và việc quản lý, sử dụng vốn đầu tư. Trên cơ sở kết luận của Kiểm toán Nhà nước, Bộ GTVT đã rà soát và xử lý các nội dung liên quan đến công tác quản lý tài chính, kế toán…
Tuy nhiên, do đây là dự án đường sắt đô thị đầu tiên tại Việt Nam và thực hiện theo hình thức EPC, việc thực hiện một số nội dung theo kết luận của Kiểm toán Nhà nước có những khó khăn nhất định khi Tổng thầu EPC là nhà thầu nước ngoài được chỉ định trong Hiệp định vay, Tổng thầu cho rằng mình không có nghĩa vụ phải thực hiện các kết luận của Kiểm toán Nhà nước.
Tổng thầu cũng thiếu hợp tác và từ chối thực hiện, nhất là các nội dung liên quan đến chi phí bổ sung, phát sinh, hoàn thiện hồ sơ, thủ tục theo yêu cầu của Kiểm toán Nhà nước.
Một khó khăn khác được Bộ GTVT cho biết là một số định mức đơn giá cho dự án đường sắt đô thị chưa được trong nước ban hành và không thể lập lại tại thời điểm dự án đã hoàn thành công tác thi công, xây dựng dẫn đến việc hoàn thiện theo kết luận của Kiểm toán Nhà nước gặp nhiều khó khăn.
Chính phủ đang chỉ đạo Bộ GTVT tiếp tục tập trung rà soát các hạng mục công việc, hoàn tất thủ tục trong việc thực hiện kết luận Kiểm toán Nhà nước.
Không riêng gì tuyến đường sắt Cát Linh-Hà Đông, nhìn chung, tiến độ triển khai các dự án đường sắt đô thị tại Hà Nội và TP.HCM đều chậm so với dự kiến, tăng tổng mức đầu tư và đến nay chưa có dự án nào đi vào khai thác.
Đến nay, tại Hà Nội, Chính phủ đang chỉ đạo Bộ GTVT thực hiện đầu tư 2 tuyến (tuyến số 1, Yên Viên-Ngọc Hồi, giai đoạn I; tuyến 2A, Cát Linh-Hà Đông); chỉ đạo UBND TP Hà Nội thực hiện đầu tư 2 tuyến (tuyến số 3, đoạn Nhổn-ga Hà Nội và tuyến số 2, đoạn Nam Thăng Long-Trần Hưng Đạo).
Với tuyến 2A Cát Linh-Hà Đông, đã hoàn thành công tác nghiệm thu công trình xây dựng. Hiện nay, Bộ Giao thông Vận tải đang tập trung, giải quyết dứt điểm các vướng mắc để bàn giao cho UBND TP Hà Nội đưa vào vận hành khai thác;
Tuyến số 1 Yên Viên-Ngọc Hồi, giai đoạn 1 đã triển khai thiết kế kỹ thuật từ nguồn vốn ODA của Chính phủ Nhật Bản, tuy nhiên do một số vướng mắc liên quan đến kế hoạch thực hiện và xử lý thủ tục điều chỉnh nên dự án đang tạm dừng triển khai;
Tuyến Nhổn-ga Hà Nội đã cơ bản hoàn thành công tác xây dựng đoạn Nhổn-Cầu Giấy, đang triển khai thi công đoạn Cầu Giấy-ga Hà Nội và tuyến số 2, đoạn Nam Thăng Long-Trần Hưng Đạo đang triển khai các thủ tục điều chỉnh dự án để triển khai.
Tại TP. HCM, Chính phủ đang chỉ đạo UBND TP. HCM thực hiện đầu tư 2 tuyến (tuyến số 1, Bến Thành-Suối Tiên và tuyến số 2, Bến Thành-Tham Lương). Hiện nay, tuyến Bến Thành-Suối Tiên đã cơ bản hoàn thành các hạng mục xây dựng; tuyến Bến Thành-Tham Lương đang triển khai các thủ tục để di dời hạ tầng kỹ thuật phục vụ thi công.
Theo đánh giá của Bộ GTVT, nguồn nhân lực trong lĩnh vực đường sắt ngày càng mai một, tư duy chậm đổi mới, năng lực hạn chế đặc biệt về đường sắt đô thị và đường sắt tốc độ cao; các doanh nghiệp chưa chủ động, thiếu linh hoạt trong việc tham gia đầu tư kinh doanh đường sắt, còn trông chờ ỷ lại.
Đáng chú ý, đối với việc phát triển đường sắt đô thị, còn có nguyên nhân các nghiên cứu ban đầu về dự án sơ sài, nhiều nội dung chưa được đề cập dẫn đến phải điều chỉnh, bổ sung; sự phối hợp giữa các bộ, ngành, địa phương chưa thực sự chặt chẽ.