Hệ sinh thái Vạn Thịnh Phát có khoảng 1.000 công ty, trong đó nhiều doanh nghiệp chủ chốt được sở hữu bởi Trương Mỹ Lan và các thành viên trong gia đình.
Hệ sinh thái Tập đoàn Vạn Thịnh Phát có khoảng 1.000 doanh nghiệp gồm các công ty con, công ty thành viên trong và ngoài nước. Nhóm này được chia thành nhiều tầng lớp, với hàng trăm cá nhân được thuê đứng tên đại diện pháp luật hoặc là người có quan hệ họ hàng, cán bộ, công nhân viên Tập đoàn Vạn Thịnh Phát.
Cơ quan điều tra cũng xác định Trương Mỹ Lan và các thành viên trong gia đình (con gái, cháu gái) sở hữu lượng cổ phần lớn tại nhiều doanh nghiệp như Công ty cổ phần Tập đoàn Vạn Thịnh Phát, Công ty cổ phần Tập đoàn Đầu Tư Vạn Thịnh Phát hay Công ty cổ phần Đầu tư Tài chính Việt Vĩnh Phú. Trong đó, Công ty Việt Vĩnh Phú còn có 3 cổ đông đều có quốc tịch từ “thiên đường thuế” British Virgin Islands.
Ngoài ra, Trương Mỹ Lan còn chỉ đạo cấp dưới lập các công ty “ma” nhằm vay vốn khống, rút tiền từ Ngân hàng SCB. Cấp dưới thực hiện các công việc gồm đặt tên công ty, tìm thuê người đứng tên thành lập công ty dưới các vai trò là người đại diện theo pháp luật, cổ đông, thành viên công ty TNHH, tìm địa chỉ đặt trụ sở công ty, chọn ngành nghề kinh doanh…