Nhật Bản là quốc gia có quan hệ giao thương trên Biển Đông từ rất sớm, số thuyền buồm của Nhật Bản đến Việt Nam giao thương ở Hội An và nhiều cảng trên bờ biển. Thế nhưng hầu như Nhật Bản không hề quan tâm đến các đảo, quần đảo giữa Biển Đông suốt trong nhiều thế kỷ.
Vào đầu thế kỷ XX, khi phát triển thành cường quốc quân sự, thực hiện giấc mơ “Đại Đông Á” Nhật Bản mới bắt đầu triển khai các chương trình khai thác các quần đảo có vị trí chiến lược này.
Năm 1917, cùng với việc tổ chức khai thác nhiều đảo trên Biển Đông, người Nhật bắt đầu các hoạt động khai thác khoáng sản ở Trường Sa.
Năm 1920, công ty Mitsui – Bussan Kaisha đã tiến hành khai thác phốt phát và năm 1921 họ đã xây dựng nhiều cơ sở ở đây. Vào các năm 1933 đến 1938 có một số người Nhật đẩy mạnh việc khai thác phốt phát, tuy nhiên đây hoàn toàn là tự phát dưới danh nghĩa cá nhân.
Năm 1938, sau khi hoàn thành việc chiếm đóng các đảo Đài Loan, Bành Hồ của Trung Quốc quân đội Nhật Bản mới đánh chiếm các đảo Phú Lâm, Linh Công và Hữu Nhật thuộc quần đảo Hoàng Sa. Năm 1939 quân Nhật xâm chiếm quần đảo Trường Sa. Năm 1940 Nhật Bản tuyên bố chủ quyền cả hai quần đảo Hoàng Sa (được đổi thành Hirata Gunto) và Trường Sa (được đổi thành Shinnan Gunto). Đây là sự chiếm đóng bằng vũ lực vì mục đích quân sự.
Ngày 27-11-1943, Hội nghị Cairo ra tuyên cáo buộc Nhật Bản phải trả lại cho Trung Hoa dân quốc tất cả các phần lãnh thổ mà Nhật Bản đã chiếm đóng bao gồm Mãn Châu, Đài Loan và quần đảo Bành Hồ. Tuyên cáo Cairo hoàn toàn không đề cập đến việc Nhật Bản phải bàn giao hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa cho Trung Quốc.
Ngày 9-3-1945, Nhật đảo chính Pháp ở Đông Dương, quân đội Nhật thay thế quân Pháp đồn trú trên các đảo ở giữa Biển Đông.
Ngày 5-9-1945, Nhật Bản đầu hàng phe Đồng Minh và bắt đầu rút quân khỏi Đông Dương nhưng quân Nhật vẫn duy trì sự chiếm đóng trên quần đảo Hoàng Sa cho đến năm 1946.
Ngày 5-9-1945, Hội nghị San Francisco (California, Mỹ) thảo luận Dự thảo hiệp ước Hoà bình giữa phe Đồng Minh với Nhật Bản nhằm kết thúc chiến tranh thế giới thứ hai ở khu vực Châu Á – Thái Bình Dương được nhóm họp.
Ngày 8-9-1945, Hiệp ước San Francisco được ký kết, buộc Nhật Bản phải bồi thường cho các nước Đồng Minh bị thiệt hại trong chiến tranh do Nhật gây ra và phải rút khỏi những nơi mà họ đã dùng vũ lực để chiếm đóng trong chiến tranh thế giới thứ hai.
Riêng đối với hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa, Điều 2, khoản t của Hiệp ước quy định: Nhật Bản từ bỏ mọi quyền, danh nghĩa và yêu sách đối với quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa, và đồng thời không ghi nhận việc chuyển giao hay quy thuộc các quần đảo này cho nước nào.
H.B