Hiệp định Genève được ký kết ngày 20 tháng 7 năm 1954, chấm dứt chiến tranh ở Đông Dương công nhận độc lập chủ quyền toàn vẹn lãnh thổ và thống nhất của nước Việt Nam.
Điều 1. Quy định về ranh giới quân sự tạm thời tại sông Bến Hải vĩ tuyến 17, Việt Nam Dân chủ Cộng hoà quản lý phần lãnh thổ và trên biển phía Bắc dưới tuyến, lực lượng liên hiệp Pháp ở phía Nam dưới tuyến.
Điều 4. Quy định giới tuyến quân sự tạm thời kéo dài ra phía ngoài hải phận, theo đường thẳng góc với đường ven biển. Như vậy, theo hiệp định Genève chính quyền Việt Nam Cộng hoà có trách nhiệm quản lý, thực thi và bảo vệ chủ quyền trên hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa. Chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hoà quản lý bảo vệ chủ quyền từ vĩ tuyến 17 trở ra phía Bắc, nên không có nghĩa vụ và quyền hạn thực thi chủ quyền tại hai quần đảo này. Năm 1956, quân Pháp rút khỏi Việt Nam, đây là cơ hội khiến một số quốc gia trong khu vực đã nhòm ngó, coi đây là cơ hội đển chiếm đóng trái phép Hoàng Sa và Trường Sa của Việt Nam.
Ngày 21 tháng 2 năm 1956, Cộng hoà nhân dân Trung Hoa đã bí mật cho quân chiếm giữ đảo Phú Lâm, đảo lớn nhất trong quần đảo Trường Sa.
Tháng 10 năm 1956, Hải quân Đài Loan đến chiếm đảo Ba Bình, quần đảo Trường Sa. Đối với Philippines Tổng thống Quirino đã tuyên bố rằng: “Quần đảo Trường Sa phải thuộc về Philippnes vì nó ở gần”, mở đầu cho việc Philippines chiếm đóng một số đảo ở quần đảo Trường Sa sau này, đến nay Philippines đang chiếm đóng 10 đảo thuộc quần đảo Trường Sa.
Năm 1956, khi Pháp rút quân về nước lực lượng hải quân của chính quyền Sài Gòn tiếp quản các quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa. Ngày 1 tháng 6 năm 1956, Ngoại trưởng chính quyền Việt Nam Cộng hoà, Vũ Văn Mẫu ra tuyên bố tái khẳng định chủ quyền của Việt Nam đối với hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa. Hải quân Việt Nam Cộng hoà tiếp quản các đảo phía Tây của quần đảo Hoàng Sa, với số quân 40 người và dựng bia kéo cờ trên bốn đảo Hoàng Sa, Quang Ảnh, Hữu Nhật, Duy Mậu.
Ngày 22 tháng 8 năm 1956, lực lượng hải quân của Chính phủ Việt Nam Cộng hoà đã đổ bộ lên các hòn đảo chính của nhóm Trường Sa, dựng một cột đá và cắm cờ trên quần đảo Trường Sa. Khi Trung Quốc chiếm đóng đảo Phú Lâm trên quần đảo Hoàng Sa, chính quyền Việt Nam Cộng hoà đã lên tiếng phản đối và chỉ đạo Bộ Ngoại giao xúc tiến thương thuyết điều đình qua đường ngoại giao và chuẩn bị các tài liệu bằng chứng khởi kiện tại toà án quốc tế La Haye, xúc tiến thành lập Ủy ban Tư vấn về các đảo tương tranh gồm các sử gia, luật gia, hải học gia và đại diện quân đội có đủ thẩm quyền để có thể thu lại những đảo bị chiếm đóng.
“Lợi dụng lúc Pháp vừa rút khỏi Việt Nam và Việt Nam Cộng hòa chưa kịp đưa quân ra ở cái nhóm đảo phía Đông, Trung Quốc đã lén lút đưa quân chiếm đóng bất hợp pháp các nhóm đảo phía Đông của Quần đảo Hoàng Sa. Việt Nam Cộng hòa đã lên tiếng phản đối ngay lúc bấy giờ và đưa quân ra trấn giữ, từ đó trở đi Việt Nam Cộng hòa đã liên tục thể hiện cái sự quản lý của mình trên cái quần đảo Hoàng Sa” – PGS,TS. Ngô Văn Minh (Nhà nghiên cứu lịch sử – Học viện CTQG KV III).
Sau khi đưa lực lượng hải quân tiếp quản các đảo thuộc quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa, chính quyền Việt Nam Cộng hòa bắt đầu xác lập quyền quản lý hành chính trên các quần đảo này. Ngày 22 tháng 10 năm 1956, chính quyền Sài Gòn đặt quần đảo Trường Sa trực thuộc tỉnh Phước Tuy, cắt cử các phái viên ra Hoàng Sa làm nhiệm vụ quản lý hành chính. Từ năm 1959 chính quyền Việt Nam Cộng hòa duy trì lực lượng đồn trú trên quần đảo Hoàng Sa gồm: 30 lính thủy quân lục chiến và 43 bảo an viên, chủ yếu là người Quảng Nam cắt cử luân phiên ra bảo vệ đảo.
Việc theo dõi canh phòng trên đảo được thực hiện liên tục, phía Việt Nam Cộng hòa đã chú ý theo dõi các hoạt động xây dựng cơ sở quân sự kiên cố của Trung Quốc trên đảo Phú Lâm và Lin Côn, qua không ảnh do hạm đội 7 của Mỹ cung cấp và đề phòng sự bành trướng của Trung Quốc sang các đảo khác, Hải quân Việt Nam Cộng hòa và các lực lượng đồn trú trên đảo, đã nhiều lần ngăn chặn lính Trung Quốc giả dạng ngư dân xâm nhập. Năm 1959, đã bắt giữ 82 ngư dân và 50 quân Trung Quốc đổ bộ lên đảo Quang Hòa tức Đun Can.
Nhằm thực hiện công tác quản lý hành chính chặt chẽ hơn, chính quyền Sài Gòn đã quyết định thành lập một đơn vị hành chính cấp Xã ở quần đảo Hoàng Sa. Ngày 13 tháng 7 năm 1961, sắc lệnh số 174NV của Tổng thống Việt Nam Cộng hòa đặt quần đảo Hoàng Sa thuộc tỉnh Quảng Nam và thành lập tại quần đảo này một xã lấy tên là Định Hải trực thuộc quận Hòa Vang, trong sắc lệnh trên ghi rằng: Quần đảo Hoàng Sa trước kia thuộc tỉnh Thừa Thiên, nay đặt thuộc tỉnh Quảng Nam, đặt đơn vị hành chính xã bao gồm chọn quần đảo này được thành lập và lấy danh hiệu là xã Định Hải trực thuộc quận Hòa Vang, xã Định Hải dưới quyền một phái viên hành chính. Năm 1969, chính quyền Sài Gòn sáp nhập xã Định Hải vào xã Hòa Long cũng thuộc quận Hòa Vang tỉnh Quảng Nam. Các hoạt động tuần tra bảo vệ các đảo trên quần đảo Hoàng Sa vận hành đèn biển, trạm khí tượng thuỷ văn trên đảo được duy trì thường xuyên, mỗi ngày nhân viên trạm khí tượng tổ chức quan trắc tám lần và báo về Sài Gòn qua hệ thống điện thoại vô tuyến, các cơn bão trên biển Đông được trạm khí tượng Hoàng Sa quan trắc và cập nhật về đất liền hàng giờ, thông báo cho tàu thuyền, các chuyến bay để đảm bảo an toàn.
Ông Ngô Tấn Phát nguyên nhân viên quan trắc khí tượng trạm khí tượng thuỷ văn Hoàng Sa nhớ lại “Nhiệm vụ của tôi là quan trắc những yếu tố khí tượng, quan trắc bầu trời, đo nhiệt độ, khí áp, ẩm độ, mưa gió, thời tiết hiện tại, thời tiết đã qua thu thập các yếu tố khí tượng rồi thảo ra một mã điện quốc tế gửi về đất liền”.
Cùng với hoạt động khí tượng, các hoạt động kinh tế cũng được tiến hành ở Hoàng Sa. Các cuộc khảo sát trên các đảo thuộc quần đảo Hoàng Sa cho thấy ngoài số lượng phân chim lên đến hàng chục triệu tấn, quần đảo còn là nơi cung cấp một số lượng hải sản đáng kể đặc biệt ở Hoàng Sa. Còn có loại rau câu biển, có giá trị kinh tế cao trên thương trường quốc tế, chính quyền Việt Nam Cộng hòa đã cho phép một công ty tổ chức khai thác phân chim trên đảo để sản xuất phân bón.
“Về khai thác kinh tế thì tổ chức đã khảo sát về cái nguồn lợi kinh tế, theo tài liệu của Việt Nam Cộng hòa thì chủ yếu đó là nguồn phốt phát, thứ hai nữa là nguồn rong biển và hải sản” – PGS.TS Ngô Văn Minh (Nhà nghiên cứu lịch sử).
Trên quần đảo Trường Sa từ năm 1961 đến 1963, chính quyền Sài Gòn đã lần lượt cho xây bia chủ quyền ở các đảo chính của quần đảo Trường Sa như: Trường Sa, An Bang, Song Tử Tây… Trong cuộc họp báo ngày 13 tháng 7 năm 1971, tại Manila Philippines Ngoại trưởng chính quyền Sài Gòn ông Trần Văn Lắm đã khẳng định một lần nữa chủ quyền của Việt Nam đối với quần đảo Trường Sa.
Tháng 1 năm 1973, nhằm mục đích xác nhận chủ quyền của Việt Nam đồng thời thám sát thu thập dữ liệu, để thiết lập kế hoạch khai thác các đảo trên quần đảo Trường Sa, Tổng thống Việt Nam Cộng hòa đã chỉ đạo Tổng trưởng Bộ Quốc phòng tổ chức một đợt thao dượt hạm đội tại quần đảo Trường Sa từ ngày mùng 4 đến ngày 11 tháng 5 năm 1973. Tham dự cuộc thao dượt có sự tham gia của Bộ Nội vụ, Bộ Kinh tế, Bộ phát triển Nông nghiệp và Điền địa, Bộ giao thông Bưu điện và tỉnh Phước Tuy. Đoàn đã thám sát các đảo Trường Sa, An Bang, Nam Yết, Thái Bình, Song Tử Tây, Song Tử Đông, Thị Tứ, Loại Ta, tất cả các đảo này Việt Nam đã cắm mốc chủ quyền từ trước, đoàn thám sát đã đánh giá chi tiết các điều kiện sinh hoạt trên đảo và đưa ra các kiến nghị với tổng thống Việt Nam Cộng hòa nhằm bảo vệ chủ quyền và khai thác quần đảo Trường Sa lâu dài.
Ngày 6 tháng 9 năm 1973, chính quyền Sài Gòn sáp nhập các đảo Trường Sa, An Bang, Ba Bình, Song Tử Đông, Song Tử Tây, Loại Ta, Thị Tứ, Nam Ai, Sinh Tồn và các đảo phụ cận vào tỉnh Phước Tuy.Có thể nói đến cuối năm 1973, chính quyền Việt Nam Cộng hòa đã hoàn tất hệ thống quản lý hành chính, cắm cột mốc, cắm cờ tổ chức các hoạt động kinh tế khí tượng trên hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa. Việt Nam Cộng hòa đã khẳng định và bảo vệ chủ quyền trên hai quần đảo này.
(Còn tiếp)
T.P