Trong những năm gần đây, Indonesia liên tục công bố các thông tin về việc nước này xây dựng các căn cứ quân sự mới gần Biển Đông. Động thái được cho là nhằm đối phó với yêu sách chủ quyền của Trung Quốc trong khu vực.
Báo chí Indonesia cho biết Chính phủ Indonesia đang có kế hoạch xây dựng 3 căn cứ quân sự mới ở phía Đông và Bắc nước này, trong đó có một căn cứ ở tỉnh Riau để theo dõi các diễn biến ở Biển Đông.Chính quyền tỉnh Riau, bao gồm quần đảo Natuna nằm ở phía Nam Biển Đông, đã dành một khu đất rộng 40 ha để xây dựng căn cứ và công trình dự kiến bắt đầu từ năm 2020. Căn cứ này sẽ giúp quân đội Indonesia tăng cường hiện diện ở khu vực. Hồi tháng 6/2019, Cảnh sát Quốc gia Indonesia (INP) đã triển khai tàu tuần tra lớn nhất của lực lượng này là KP Yudistira, đến đóng trú tại đơn vị ở Riau để thực hiện các cuộc tuần tra ở khu vực. Đó là một trong những động thái mới của Indonesia nhằm tăng cường hiện diện và bảo vệ Natuna sau khi giới chức nước này nhiều lần ngăn chặn tàu cá Trung Quốc đánh bắt trái phép ở khu vực gần Biển Đông.
Trong năm 2018, Indonesia mở một căn cứ quân sự trên đảo Natuna Besar thuộc Natuna, với hơn 1.000 quân nhân đóng trú và một nhà chứa cho đội máy bay không người lái. Các nhà phân tích cho rằng, việc Indonesia thành lập căn cứ quân sự tại quần đảm Natuna gần biển Đông là nhằm tăng cường khả năng bảo vệ biên giới lãnh thổ và đối phó với sự bất ổn trong khu vực.
Quân đội Indonesia tuyên bố rằng các hòn đảo nhỏ trên các vùng biển của nước này có thể hoạt động giống như những “tàu sân bay” cho phép Lực lượng vũ trang Indonesia nhanh chóng triển khai máy bay chiến đấu và binh sỹ tới các khu vực xung đột. Indonesia đang nỗ lực nâng cao khả năng phối hợp giữa các lực lượng lục quân, hải quân và không quân, nhằm giải quyết các mối đe dọa an ninh quốc phòng, trong đó có chủ nghĩa khủng bố. Việc thành lập thêm 4 căn cứ mới trên các đảo tiền tiên nằm trong các nỗ lực tăng cường quân sự của Indonesia trong thời gian gần đây. Theo hãng thông tấn chính thức Antara, việc thành lập 3 bộ chỉ huy khu vực mới quy tụ các lực lượng hải quân, không quân và lục quân phân chia lãnh thổ Indonesia thành 3 quân khu nhằm tăng tính linh hoạt và cho phép quân đội Indonesia phản ứng nhanh hơn trước các mối đe dọa an ninh.
Trung Quốc công bố yêu sách đường lưỡi bò bao gồm cả vùng biển Natuna của Indonesia. Chính quyền Jakarta đã phản ứng mạnh mẽ bằng các tuyên bố và hành động trên thực địa. Indonesia thường xuyên lên tiếng chỉ trích việc Trung Quốc xâm nhập hải phận Indonesia. Indonesia đã công khai thách thức các tuyên bố chủ quyền của Trung Quốc trên Biển Đông, khi Indonesia công khai đặt tên phần biển phía Bắc vùng Đặc quyền kinh tế của nước này trên Biển Đông, bất chấp các tuyên bố chủ quyền trước đó của Trung Quốc đối với khu vực này. Thái độ ngày càng cứng rắn của Indonesia đối với khu vực này bao gồm cả việc tăng cường quân sự ở quần đảo Natuna gần đó và kế hoạch điều tàu chiến hải quân đến đây trong bối cảnh Trung Quốc ngày càng mạnh mẽ trong các tranh chấp Biển Đông. Tổng thống Indonesia Joko Widodo từng tuyên bố rằng “đường 9 đoạn” của Trung Quốc không dựa trên luật pháp quốc tế. Từ đó, tiếng nói phản đối Trung Quốc của Indonesia ngày càng mạnh mẽ hơn.