Có một thực tế được giới khoa học các nước chỉ ra là hệ sinh thái ở Biển Đông đang bị suy giảm nghiêm trọng bởi một số yếu tố, trong đó nguyên nhân chính là do hoạt động xây dựng đảo nhân tạo của Trung Quốc.
Biển Đông nằm trong “trung tâm san hô toàn cầu” và san hô phân bố rộng khắp vùng biển nông ven bờ của các quốc gia và cấu thành nên các rạn san hô rộng lớn ở giữa khu vực biển này. Rạn san hô là hệ sinh thái quan trọng và dễ bị tổn thương nhất trong đại dương và biển, có giá trị cao về môi trường và nguồn lợi thủy sản không chỉ cho vùng biển của các cụm đảo san hô ngoài khơi như Trường Sa, Hoàng Sa, mà còn cho phần biển còn lại của Biển Đông thông qua hệ thống dòng chảy biến đổi theo mùa. Nhờ đó, Biển Đông trở thành một trong những vùng biển có mức đa dạng sinh học và giá trị bảo tồn cao, nguồn lợi thủy sản phong phú, giàu có nhất thế giới.
Phán quyết của Trọng tài quốc tế tại La Hay (PCA) đối với vụ Philippines kiện Trung Quốc về Biển Đông (7/2016) đã chỉ trích các dự án tôn tạo và các công trình xây dựng các đảo nhân tạo tại 7 thực thể ở quần đảo Trường Sa, đồng thời cho rằng, Trung Quốc đã “gây hại nghiêm trọng với môi trường của các rặng san hô và vi phạm nghĩa vụ bảo tồn và bảo vệ các hệ sinh thái dễ bị tổn thương và môi trường sống của các loài đang suy yếu, bị đe doạ và bị hủy diệt”. Toà cho rằng, nhà chức trách Trung Quốc đã nhận thức được việc ngư dân Trung Quốc đã đánh bắt các loài rùa biển, san hô và trai khổng lồ quý hiếm trên diện rộng ở Biển Đông (bằng các biện pháp gây ra tổn hại nghiêm trọng với môi trường rạn san hô) và đã không thực hiện các nghĩa vụ của nước này trong việc ngăn chặn và chấm dứt các hoạt động này.
Chương trình Môi trường Liên hợp quốc (UNEP) khẳng định, Biển Đông chiếm tới 01/10 tổng sản lượng cá đánh bắt trên thế giới và đến năm 2030, Trung Quốc sẽ chiếm 40% lượng tiêu thụ cá toàn cầu. Bên cạnh đó, một lượng hàng hóa khổng lồ với giá trị ước khoảng 5.300 tỷ USD được vận chuyển qua khu vực biển này hàng năm, kéo theo các rủi ro môi trường hàng hải. Tiềm năng và các hoạt động như vậy tác động trước mắt và lâu dài đến địa bàn sinh sống của 70% dân số khu vực Đông Nam Á và sinh kế hàng ngày của khoảng 300 triệu dân phụ thuộc vào nguồn lợi của Biển Đông, đặc biệt là người dân Trung Quốc, Việt Nam và Philippines.
Bảo vệ được môi trường biển và các hệ sinh thái trong Biển Đông, đặc biệt là rạn san hô ở các cụm đảo ngoài khơi nói trên sẽ bảo đảm được an ninh môi trường và nguồn lợi đa dạng sinh học toàn Biển Đông, duy trì được sự thịnh vượng và an ninh của các quốc gia trong khu vực. Tuy nhiên, vị trí đắc địa và sự giàu có của Biển Đông, đặc biệt của hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa đã lọt vào tầm ngắm của các nước lớn. Trung Quốc đã đưa ra yêu sách phi lý về “đường lưỡi bò” chiếm phần lớn diện tích Biển Đông và gần đây đã đơn phương thay đổi hiện trạng khi tôn tạo, mở rộng các cấu trúc bãi cạn ở quần đảo Trường Sa và một phần ở Hoàng Sa thành các đảo nhân tạo, đe dọa đến an ninh nói chung và an ninh môi trường nói riêng trong khu vực này.
Đánh giá môi trường Biển Đông chỉ ra rằng, khu vực giữa Biển Đông, đặc biệt ở quần đảo Trường Sa đang bị tàn phá nặng nề. Cụ thể, đã có 160 km2 rạn san hô bị hủy hoại, gồm 17 km2 do hoạt động bồi đắp, xây dựng kênh cảng và 143 km2 do các hoạt động hút vật liệu xây dựng và đào bới, nạo vét để khai thác loài trai tai tượng khổng lồ. Tính đến cuối năm 2016, Trung Quốc đã lấn mở rộng khoảng 1.500 ha các bãi cạn, đá ở quần đảo Trường Sa và Hoàng Sa để xây dựng các đảo nhân tạo, chiếm khoảng 95% tổng diện tích so với các nước khác có tuyên bố chủ quyền ở quần đảo Trường Sa đã làm. Điều này đồng nghĩa với 95% tác động phá hủy môi trường Biển Đông là do Trung Quốc. Trên thực tế, Bắc Kinh đã phá hủy rất nhiều, còn tác động của các quốc gia khác đến môi trường Biển Đông chưa bằng 1/100 những hoạt động của họ.
Việc phá hủy nhiều ngàn hecta rạn san hô, thảm cỏ biển và các hệ sinh thái biển nông khác để làm vật liệu tôn tạo đảo nhân tạo ở Trường Sa của Trung Quốc là quá thô bạo, vượt quá các tiêu chuẩn. Đặc biệt nó xuất phát từ tham vọng chủ quyền biển, đảo của Bắc Kinh. Nhiều khu vực rạn san hô và bãi trầm tích mảnh vụn san hô đã bị mất vĩnh viễn, gây tổn thất lâu dài cho môi trường Biển Đông. Các hành vi trên của Trung Quốc không chỉ làm thay đổi cấu trúc và chức năng tự nhiên vốn có của các bãi cạn, các đá và rạn san hô vòng (atoll) ở quần đảo Trường Sa, mà còn “cắt đứt” mối liên kết sinh thái giữa quần đảo này với phần còn lại của Biển Đông. Điều này gây ảnh hưởng rộng hơn đến khả năng cung cấp dinh dưỡng, nguồn giống và nguồn lợi thủy sản cho phần lớn Biển Đông và các vùng biển phụ cận của các quốc gia trong khu vực biển này.
Về khía cạnh kinh tế, mỗi năm mất ít nhất 4 tỷ đô la vì các hoạt động khai thác bừa bãi ở rạn san hô trên Biển Đông của Trung Quốc và riêng nghề cá hàng năm bị thiệt hại khoảng hơn 500 triệu USD. Điều này không chỉ vi phạm hòa bình mà còn cả sự thịnh vượng của các quốc gia trong khu vực Biển Đông, bao gồm chính Trung Quốc. Nếu Trung Quốc không dừng hoạt động khai phá và bồi đắp các bãi cạn thì thiệt hại còn tiếp tục tăng và để lại hậu quả lâu dài.
Có phân tích cho thấy, đầu những năm 1940, Bermuda, quốc đảo tự trị của Anh ở Bắc Đại Tây Dương, đã tiến hành các hoạt động tôn tạo xây dựng sân bay, hoạt động này đã làm ảnh hưởng nghiêm trọng tới các rạn san hô tại đây, đến nay các rạn san hô tại đây thậm chí vẫn chưa hết bị ảnh hưởng. Việc tôn tạo cũng đã làm một số loài cá tại khu vực bị tuyệt chủng. Điều này cho thấy việc nạo vét, tôn tạo đảo là những tác động gây ra nguy hiểm nhiều nhất cho các rạn san hô.
Việc chôn vùi các rạn san hô ở Biển Đông chỉ trong vài năm xây dựng đảo nhân tạo của Trung Quốc đã gây ra những tổn thất gần như vĩnh viễn và một cách nhanh chóng nhất trong lịch sử loài người. Trong thực tế, rạn san hô thường có khả năng tự phục hồi sau một số năm giảm bớt, nhưng trong trường hợp ở Trường Sa, các rạn san hô bị chôn vùi dưới hàng ngàn tấn cát, sỏi, thì sẽ không có loài san hô nào phát triển được.
Đặc biệt đây không phải là những hòn đảo nhất thời mà sẽ tồn tại ở đó trong nhiều thế hệ, kể cả khi các đảo nhân tạo này bị ngập chìm dưới nước do nước biển dâng. Và tình trạng này lan rộng ra, hủy hoại các khu vực rạn san hô khác. Do vậy, thiệt hại do những hòn đảo nhân tạo về cơ bản là lâu dài, có thể kéo dài nhiều thập kỷ. Ngoài ra, các luồng và bến cảng đã được nạo vét trên các mặt bằng rạn và đầm trên một số rạn san hô để vừa kết hợp lấy vật liệu xây dựng và mở rộng đảo, cũng khiến cho san hô bị phá hủy nhiều. Việc nạo vét này có thể không gây ra tổn thất vĩnh viễn và thảm khốc như các hoạt động lấp đầy, nhưng vẫn có sức tàn phá mạnh hơn nhiều so với việc đánh bắt quá mức hoặc đánh bắt hủy diệt trong một thập kỷ hoặc dài hơn tại khu vực.