Indonesia không phải là bên liên quan trực tiếp đến tranh chấp Biển Đông. Mặc dù phản đối việc quân sự hóa Biển Đông, nhưng thời gian qua Indonesia thường giữ im lặng trước những hành động gây hấn của Trung Quốc ở Biển Đông vì chưa động chạm trực tiếp đến lợi ích của Indonesia.
Được coi là không liên quan trực tiếp đến tranh chấp Biển Đông, song yêu sách “đường lưỡi bò” của Trung Quốc xâm phạm vào vùng biển phía Nam của Indonesia quanh khu vực đảo Natuna. Indonesia không công khai lên tiếng phản đối hành động hung hăng của Trung Quốc vì chính quyền Indonesia có nhu cầu tranh thủ quan hệ kinh tế thương mại với Trung Quốc, không muốn đối đầu trực diện với Trung Quốc.
Trong những ngày cuối năm 2019, tàu tuần duyên Trung Quốc đã liên tiếp tiến vào vùng đặc quyền kinh tế của Indonesia, khu vực ngoài khơi quần đảo Natuna ở phía bắc, lần vào mới nhất là hôm 24/12/2019, Indonesia đã cho tàu của lực lượng An ninh Biển ra chặn đuổi.
Jakarta đã lên tiếng tố cáo hành vi của các tàu Trung Quốc “vi phạm chủ quyền lãnh thổ” của Indonesia. Bộ Ngoại giao Indonesia đã triệu tập Đại sứ Trung Quốc tại Jakarta tới và chuyển nội dung phản đối mạnh mẽ về vụ việc. Đây là lần hiếm hoi mà Bộ Ngoại giao Indonesia ra thông báo về hành vi vi phạm của Trung Quốc.
Indonesia có quan điểm thượng tôn pháp luật trên vấn đề Biển Đông, theo đó Jakarta phản đối yêu sách “đường lưỡi bò” của Trung Quốc và ngầm ủng hộ phán quyết ngày 12/07/2016 của Tòa Trọng tài vụ kiện Biển Đông do Philippines khởi sướng.
Một số chuyên gia phân tích cho rằng với việc Trung Quốc ngày càng mở rộng các yêu sách của họ ở Biển Đông nhằm triển khai “đường lưỡi bò” trên thực tế, việc các tàu chấp pháp của Trung Quốc xâm phạm vùng biển Indonesia sẽ còn tiếp diễn trong tương lai đe dọa trực tiếp các lợi ích thiết thân của Indonesia ở trên biển.
Indonesia là một nước lớn, có tiếng nói quan trọng trong ASEAN. Chính Indonesia là nước đi đầu trong việc thúc đẩy các nước ASEAN thông qua “Tầm nhìn Ấn Độ Dương – Thái Bình Dương” thể hiện quan điểm và vai trò của ASEAN đối với chiến lược Ấn Độ Dương – Thái Bình Dương tự do, rộng mở mà Tổng thống Mỹ Donald Trump nêu ra tại Diễn đàn cấp cao APEC 2017 và được nhóm “Bộ Tứ” Mỹ, Úc, Nhật, Ấn đang tích cực triển khai.
Việc Indonesia có tiếng nói mạnh mẽ trên vấn đề Biển Đông có ý nghĩa quan trọng đối với việc tạo quan điểm thống nhất trong ASEAN trên vấn đề Biển Đông. Một số nhà phân tích cho rằng việc Indonesia lên tiếng tố cáo hành vi của Trung Quốc xâm phạm vùng biển Indonesia trong những ngày cuối năm 2019 là dấu hiệu cho thấy có thể Indonesia sẽ có thái độ mạnh mẽ hơn trên vấn đề Biển Đông trong năm 2020 khi Việt Nam đảm đương vai trò Chủ tịch ASEAN.
Việc cả Indonesia và Malaysia, những nước có tiếng nói quan trọng trong ASEAN lên tiếng phản đối hành vi của Trung Quốc ở Biển Đông trong những ngày cuối năm 2019 có thể là một thuận lợi cho Việt Nam trên cương vị chủ nhà các hội nghị của ASEAN và các hội nghị liên quan trong năm 2020 này. Việt Nam cần tranh thủ điều này để phát huy vai trò trên vấn đề Biển Đông, bao gồm cả đàm phán về Bộ Quy tắc ứng xử ở Biển Đông giữa ASEAN – Trung Quốc trong năm nay.