Nhật Bản là quốc gia phương Đông có quan hệ giao thương trên Biển Đông từ rất sớm và rất mạnh mẽ. Số thuyền buôn của Nhật thường cập bến và giao thương ở Hội An và nhiều cảng trên bờ biển Việt Nam. Thế nhưng hầu như Nhật Bản gần như không hề quan tâm đến các đảo, quần đảo ở Biển Đông một trong nhiều thế kỷ.
Vào đầu thế kỷ XX, khi phát triển thành cường quốc quân sự, thực hiện giấc mơ “Đại Đông Á”, Nhật Bản bắt đầu triển khai các trương trình khai các đảo có vị trí chiến lược trên Biển Đông. Năm 1971, cùng với việc tổ chức khai thác nhiều đảo trên Biển Đông và bắt đầu các hoạt động khai thác khoáng sản ở quần đảo Trường Sa. Năm 1920 công ty Mitsui – Bussan Kaisha đã tiến hành khai thác phosphat vào năm 1921, họ đã xây dựng nhiều cơ sở ở đây. Vào các năm 1933 đến 1938 có một số người Nhật đến các đảo này ở dài ngày đẩy mạnh việc khai thác phosphat.
Sau khi hoàn thành việc chiếm đóng các đảo Đài Loan và Bành Hồ của Trung Quốc, năm 1938, quân đội Nhật Bản đánh chiếm các đảo Phú Lâm, Linh Côn và Hữu Nhật thuộc quần đảo Hoàng Sa. Năm 1939, quân đội Nhật xâm chiến quần đảo Trường Sa. Năm 1940 Nhật Bản tuyên bố chủ quyền trên cả hai quần đảo Hoàng Sa (được đổi thành Hirata Gunto) và Trường Sa (được đổi thành Shinnam Gunto). Đây là một chiếm đóng bằng vũ lực và hoàn toàn vì mục đích quân sự.
Ngày 27 tháng 11 năm 1943, hội nghị Casino ra tuyên cáo buộc Nhật Bản phải trả lại cho Trung Hoa dân quốc tất cả các phần lãnh thổ mà Nhật Bản đã đã chiếm đóng của Trung Quốc bao gồm Mãn Châu, Đài Loan và quốc đảo Bành Hồ. Tuyên cáo Casino hoàn toàn không đề cập đến việc Nhật Bản phải giao lại hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa cho Trung Quốc.
Ngày 9 tháng 3 năm 1945, Nhật Bản đảo chính Pháp ở Đông Dương, quân đội Nhật thay thế quân Pháp đồn trú trên các quần đảo ở Biển Đông.
Ngày 15 tháng 8 năm 1945, Nhật Bản đầu hàng phe đồng minh và bắt đầu rút quân khỏi Đông Dương nhưng quân Nhật vẫn duy trì sự chiếm đóng ở quần đảo Hoàng Sa cho đến năm 1946.
Ngày 5 tháng 9 năm 1951, Hội nghị San Francisco (Hoa Kỳ) thảo luận dự thảo Hiệp ước Hòa Bình giữa các nước phe đồng minh với Nhật Bản nhằm chính thức kết thúc chiến tranh thế giới thứ hai ở khu vực Châu Á –Thái Bình Dương. Ngày 8 tháng 9 năm 1951, Hiệp ước San Francisco được ký kết, trong đó buộc Nhật Bản phải rút khỏi những nơi mà họ đã dùng vũ lực để chiếm đóng.
Riêng đối với quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa điều 2, khoản F của Hiệp ước quy định: “Nhật Bản từ bỏ mọi quyền, danh nghĩa và yêu sách đối với quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa” chứ không nghi nhận việc chuyển giao hay quy thuộc các quần đảo này cho nước nào. Nhưng thực tế khi quay lại Việt Nam, người Pháp đã chiếm đóng hai quần đảo này.
H.L