Bất chấp sự phản đối của Indonesia, tàu cá và tàu dân binh của Trung Quốc tiếp tục hoạt động trái phép trong vùng biển Natuna. Hành động này của Bắc Kinh buộc chính quyền Tổng thống Joko Widodo phải tăng cường năng lực chấp pháp để trấn áp các tàu cá trái phép của Trung Quốc.
Trong bối cảnh căng thẳng trên Biển Đông ngày càng tăng nhiệt, Tổng thống Joko Widodo đã đẩy mạnh cam kết do ông đưa ra cách đây 2 năm nhằm nâng cao sự hiện diện quân sự của Indonesia trên đảo Natuna Besar, một phần của quần đảo Natuna và là hòn đảo lớn nhất trong số vài trăm hòn đảo ở khu vực rìa phía nam của Biển Đông. Giới chức Indonesia cho biết hòn đảo dài 1.720 km của Indonesia sẽ được trang bị hệ thống tên lửa đất đối không, các nhóm thuộc tiểu đoàn lính thủy đánh bộ cùng các cơ sở hải quân và không quân nâng cấp của Indonesia. Trước đó, chính quyền Indonesia năm 2017 từng công bố bản đồ quốc gia sửa đổi, trong đó vùng đặc quyền kinh tế 200 hải lý (EEZ) của Indonesia ở phía bắc quần đảo Natuna được đổi tên thành biển Bắc Natuna. Động thái này của Indonesia ngay lập tức vấp phải sự phản đối từ phía Trung Quốc.
Indonesia không phải là một bên tuyên bố chủ quyền tại quần đảo Trường Sa và cũng không thừa nhận bất kỳ vấn đề tranh chấp nào về lãnh thổ với Trung Quốc. Tuy nhiên Indonesia khẳng định họ có xung đột với Trung Quốc về quyền đánh bắt cá xung quanh quần đảo Natuna. Sau một vài vụ việc nhỏ lẻ với Trung Quốc mà Indonesia đã tìm cách xoa dịu, căng thẳng giữa hai nước leo thang vào tháng 3/2016 khi Lực lượng Tuần duyên Trung Quốc tìm cách giành lại một tàu cá của nước này bị Indonesia bắt giữ tại khu vực mà Bắc Kinh gọi là “ngư trường truyền thống của Trung Quốc”. Điều khiến giới chức Indonesia giận dữ là hai tàu tuần duyên được trang bị dày đặc vũ khí của Trung Quốc đã ngang nhiên xâm phạm ranh giới lãnh hải trong phạm vi 12 hải lý của Indonesia để ngăn lực lượng Indonesia kéo tàu cá Trung Quốc vi phạm vào bờ. Sau đó, hai tàu cá khác của Trung Quốc cũng bị Indonesia ngăn chặn vào tháng 5 và tháng 6/2016. Bộ trưởng Ngư nghiệp Indonesia Susi Pudjiastuti cũng cáo buộc hành vi tội phạm xuyên quốc gia của Trung Quốc khi hối lộ các chủ tàu cá Indonesia để chuyển số cá mà các tàu này đánh bắt được cho các tàu Trung Quốc neo đậu ngoài vùng EEZ của Indonesia.
Các nguồn tin theo dõi hoạt động của đội tàu cá Trung Quốc bất ngờ về việc các tàu này duy trì hoạt động trong suốt một thời gian dài tại vùng biển phía bắc và đông bắc của quần đảo Indonesia. Đội tàu cá này được “che chở” bởi lực lượng dân quân biển Trung Quốc, hay còn gọi là “lực lượng biển thứ 3” chuyên nhận lệnh từ quân đội Trung Quốc và chủ yếu tham gia vào các cuộc xung đột “vùng xám” của Bắc Kinh trên Biển Đông. Chiến lược xung đột vùng xám cho phép Trung Quốc sử dụng dân quân biển hơn là hải quân trong các cuộc xung đột nhằm tránh đối đầu quân sự vì dân quân biển được xem là lực lượng dân sự.
Từ những vấn đề trên, Indonesia buộc phải nâng cao năng lực chấp pháp trên biển. Cam kết nâng cao năng lực phòng vệ hàng hải của Tổng thống Widodo đã cho thấy quyết tâm của Indonesia trong việc khẳng định chủ quyền quốc gia. Giới phân tích tin rằng Lực lượng vũ trang Indonesia (TNI) sẽ triển khai tổ hợp tên lửa tầm trung (AMRAAM) Kongsberg Gruppen tối tân của Na Uy lên đảo Natuna Besar, từ đó tạo ra ô phòng vệ bao phủ diện tích hơn 100 km2. Năm 2016, Mỹ đã thông qua đề xuất bán các tên lửa AMRAAM của nhà thầu quốc phòng Raytheon cho Indonesia. Cũng vào thời điểm đó, không quân Indonesia tiếp nhận thêm 24 máy bay chiến đấu F-16 được nâng cấp nhằm tăng cường năng lực phòng không. Một số thông tin nói rằng đảo Natuna Besar đóng vai trò như một căn cứ cho các trực thăng tấn công AH-64E Apache mới của Indonesia. Các trực thăng này được trang bị tên lửa không đối đất AGM 114R3 Hellfire.
Chính quyền Indonesia cũng lên kế hoạch kéo dài đường băng dài 2.500 m trên đảo Natuna Besar. Đường băng này hiện được cả máy bay quân sự và dân sự sử dụng. Ngoài ra, Indonesia cũng muốn xây dựng thêm các nhà chứa máy bay và các cơ sở tiếp nhiên liệu cải tiến trên Natuna Besar. Indonesia cũng mong muốn mua thêm máy bay vận tải C-130J Super Hercules của Lockheed Martin để thực hiệc chuyến bay tuần tra kéo dài trên biển. Lực lượng không quân Indonesia cũng muốn triển khai các máy bay không người lái tới đảo Natuna Besar để mở rộng năng lực trinh sát tại các mỏ khí đốt Đông Natuna cũng như tuyến hàng hải nhộn nhịp đi qua khu vực phía bắc của biển Java. Các nguồn tin ngoại giao cho biết Indonesia đang xem xét lại quyết định mua 4 máy bay không người lái Wing Loong của Tập đoàn Công nghiệp Hàng không Trung Quốc để trang bị cho phi đội ở Tây Kalimantan, cách đảo Natuna Besar 460km về phía đông nam. Thay vào đó, Indonesia đang nhắm mục tiêu tới các máy bay không người lái Anka của Thổ Nhĩ Kỳ với khả năng hoạt động liên tục trên không suốt 24 giờ đồng hồ và đã chứng minh khả năng trinh sát tại Syria.
Về phía hải quân và lực lượng chấp pháp trên biển, Cảnh sát Quốc gia Indonesia (5/7) xác nhận nước này đã triển khai chiến hạm KP Yudistira (8003), tàu tuần tra lớn nhất của Indonesia từ trước tới nay đến Biển Đông nhằm đối phó với thách thức an ninh từ Trung Quốc. Chiến hạm KP Yudistira (8003) sẽ bắt đầu hoạt động ở ngoài khơi đảo Batam từ giữa tháng 6, triển khai các hoạt động trong và xung quanh quần đảo Riau ở Biển Đông, bao gồm quần đảo Natuna.KP Yudistira (8003) dài 73 m, rộng 11 m và cao 3 m. Lượng giãn nước tiêu chuẩn là 1.100 tấn. Nó ra mắt tại nhà máy đóng tàu Tanjung Priok, Bắc Jakarta vào ngày 4/5/2018. Chiến hạm KP Yudistira (8003) được trang bị 2 động cơ diesel Caterpillar C175-16 và 3 máy phát điện 150 mã lực của Caterpillar điều khiển 2 cánh quạt cố định, tàu có thể đạt tốc độ tối đa vào khoảng 33 km/h. Nó được trang bị kèm theo một máy phát điện 65 kW dự phòng cho các trường hợp khẩn cấp. Yudistira có thể chở theo thủy thủ đoàn 56 người, 200 tấn dầu diesel hàng hải, 8 tấn xăng hàng không, 8 tấn dầu diesel ô tô và 95 tấn nước ngọt. Yudistira có thể chứa được 1 máy bay hạng nặng tới 10 tấn và 2 thuyền bơm hơi thân cứng (RHIB) ở phía đuôi tàu. Ngoài ra, tàu còn được trang bị 2 vòi rồng cho các nhiệm vụ chữa cháy, nhưng không được trang bị vũ khí.
Tuy nhiên, việc Indonesia điều tàu tuần tra tới Natuna cũng chưa chắc có thể ngăn chặn tàu cá Trung Quốc vào đánh trộm hải sản. Theo nghiên cứu mới nhất của Tổ chức Giám sát đánh cá toàn cầu (Global Fishing Watch) công bố hôm 23/2/2018 cho thấy, hoạt động đánh bắt cá của Trung Quốc vươn xa nhất thế giới và có quy mô rầm rộ nhất, lớn hơn cả tổng quy mô của 10 vị trí tiếp theo. Theo Báo cáo tàu cá Trung Quốc đã hoạt động khoảng 17 triệu giờ trong năm 2016, tập trung tại khu vực Biển Đông. Ông David Kroodsma, Giám đốc nghiên cứu và phát triển của Global Fishing Watch cho biết “Trung Quốc là quốc gia đánh cá nhiều nhất và tầm hoạt động của các tàu cá Trung Quốc còn lớn hơn nhiều người nghĩ”. Còn theo báo cáo của tổ chức môi trường “Hòa bình Xanh” (Green peace) thì Trung Quốc hiện có khoảng 2.500 tàu đánh bắt ở vùng biển xa và luôn luôn không được chào đón. Cũng theo các tổ chức nghiên cứu này thì điều đang quan ngại là tình trạng tàu cá Trung Quốc đánh bắt trộm tại vùng biển các nước ngày càng phổ biến và mức độ chống trả lực lượng chức năng các nước của tàu này cũng ngày càng quyết liệt, liều lĩnh và nguy hiểm. Trang “Đại Kỷ Nguyên” (The Epoch Times) đã gọi đội ngư dân là lực lượng “hải quân mới” của Trung Quốc. Những tàu cá của họ được trang bị hệ thống vệ tinh hàng hải cấp độ quân sự gọi là “Beidou”, kết nối với lực lượng tuần duyên Trung Quốc. Trong đó, ngư dân chỉ phải trả khoảng 10% chi phí của hệ thống hiện đại này, phần còn lại chính quyền hỗ trợ. Tại Biển Đông, ngư dân Trung Quốc thậm chí còn được khuyến khích đi vào các vùng biển tranh chấp của các nước và hệ thống vệ tinh trên tàu cá sẽ giúp nghe ngóng các tàu nước ngoài. Trang National Interest đánh giá với việc trang bị hệ thống định vị này, Trung Quốc đã biến các tàu cá thành vũ khí bí mật, phục vụ cho tham vọng bành trướng trên biển của Trung Quốc. Theo phân tích của chuyên gia Erickson, khi khoác lên mình đồng phục màu xanh, ngư dân TQ trở thành dân quân biển, núp bóng tàu cá để tiến hành trinh sát, do thám cũng như nhiều hành động gây rối tại vùng biển các nước.