Hiện nay, Nhật Bản nhìn chungđã thể hiện quan điểm kiên quyết, nhất quán về vấn đề Biển Đông, đặc biệt trong bối cảnh Trung Quốc đẩy mạnh việc triển khai hoạt động trên Biển Đông. Mặc dù Nhật Bản là quốc gia không liên quan trực tiếp đến tranh chấp chủ quyền, quyền chủ quyền và quyền tài phán ở Biển Đông, tuy nhiên theo giới chuyên gia, Biển Đông có vai trò quan trọng đối với 5 mục tiêu chiến lược của Nhật Bản hiện nay.
1. Mục tiêu chiến lược đầu tiên của Nhật Bản là thúc đẩy quốc tế hóa vấn đề Biển Đông, trong đó Nhật Bản đã tích cực kêu gọi các bên tôn trọng quyền tự do hàng hải, hàng không trên Biển Đông, ủng hộ các nước ASEAN đấu tranh chống việc Trung Quốc xây dựng đảo nhân tạo tại Trường Sa, thúc đẩy ASEAN hóa và quốc tế hóa vấn đề Biển Đông. Trong những chuyến thăm đến các nước ASEAN vừa qua, Thủ tướng Nhật Bản Shinzo Abe đều đưa vấn đề tự do hàng hải, hàng không cũng như tình hình an ninh Biển Đông ra thảo luận. Có thể thấy chủ đề về Biển Đông luôn giữ vị trí cao trong quan hệ của Nhật Bản với một số nước có liên quan đến tranh chấp chủ quyền, quyền chủ quyền và quyền tài phán với Trung Quốc như Việt Nam, Philippines, Indonesia,Malaysia. Ngoài các nước ASEAN, trong quan hệ với các nước có chung lợi ích trên Biển Đông như Mỹ, Úc, Ấn Độ, Anh, Pháp… Nhật Bản tích cực tìm sự đồng thuận thông qua các công cụ như tự do, dân chủ, pháp chế. Ngoài quan hệ song phương, Nhật Bản cố gắng thúc đẩy quốc tế hóa vấn đề Biển Đông, gần như trong mọi diễn đang quốc tế. Trong hội nghị G7, G20, Hội nghị cấp cao Đông Á (EAS), hội nghị giữa Nhật Bản và các nước châu Á – Thái Bình Dương, Nhật Bản nêu vấn đề bảo vệ luật quốc tế, bảo vệ tự do hàng hải, hàng không để đưa tranh chấp chủ quyền, quyền chủ quyền và quyền tài phán ở Biển Đông vào chương trình nghị sự của hội nghị. Đồng thời, Nhật Bản cũng lên tiếng yêu cầu các nước liên quan xác định rõ quyền lợi biển của mình trên cơ sở luật pháp quốc tế, ủng hộ việc nhanh chóng xây dựng bộ Quy tắc ứng xử của các bên ở Biển Đông (COC), phê phán hoạt động bồi lấp và xây dựng hạ tầng của Trung Quốc tại một số đảo đá ở quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa.
2. Mục tiêu chiến lược thứ hai của Nhật Bản ở Biển Đông là hỗ trợ các nước ASEAN bảo vệ quyền lợi, nâng cao năng lực phòng thủ trên biển. Để thực hiện mục tiêu này, Nhật Bản tích cực hỗ trợ trang bị cho các nước liên quan trực tiếp tranh chấp ở Biển Đông như Việt Nam, Philippines nhằm tăng cường khả năng cảnh báo trên biển và củng cố lực lượng tiền duyên của các nước này để đối phó với Trung Quốc. Nhằm nâng cao khả năng phòng thủ biển của các nước ASEAN, Nhật Bản đã kết hợp các khoản hỗ trợ như viện trợ phát triển chính thức (ODA), đào tạo nâng cao khả năng do Lực lượng phòng vệ Nhật Bản (SDF) tổ chức, hợp tác về trang bị phòng thủ, để trợ giúp các nước này. Mặt khác, Nhật Bản cũng thông qua các hình thức huấn luyện, diễn tập quân sự chung với các nước ASEAN để nâng cao khả năng quân sự của các nước này và giúp cho quân đội Nhật Bản thông thạo tình hình thực tế trong khu vực Biển Đông, nhằm thử nghiệm cho việc tuần tra, giám sát của Nhật Bản tại khu vực biển này.
3. Mục tiêu chiến lược thứ ba của Nhật Bản ở Biển Đông là củng cố mối quan hệ đồng minh với Mỹ: Nhật Bản coi quan hệ đồng minh Nhật – Mỹ là khuôn khổ cơ chế hợp pháp cho việc can dự vào Biển Đông. Chiến lược bảo đảm an ninh quốc gia của Nhật Bản chỉ rõ là những nước có mạng lưới thương mại toàn cầu phụ thuộc vào đường biển, Mỹ và Nhật nhấn mạnh tầm quan trọng của việc duy trì trật tự trên biển dựa trên nền tảng luật pháp quốc tế, trong đó có quyền tự do hàng hải và hàng không. Do đó, đảm bảo an ninh tự do hàng hải và hàng không trên Biển Đông là vấn đề có tính nguyên tắc, không để bất cứ một thế lực nào tuyên bố vùng nhận diện phòng không và đe dọa đến tự do hàng hải quốc tế. Sự phối hợp và hợp tác Tokyo và Washington trong vấn đề Biển Đông còn biểu hiện ở việc hai nước phối hợp giúp đỡ các nước hữu quan xây dựng năng lực phòng thủ.
4. Mục tiêu chiến lược thứ tư của Nhật Bản là giành thế chủ động trong tranh chấp lãnh thổ với Trung Quốc, kiềm chế Trung Quốc trên nhiều phương diện: Nhật Bản và Trung Quốc có tranh chấp lâu dài ở Biển Hoa Đông, đặc biệt là quần đảo Senkaku/Điếu Ngư. Nhật Bản cho rằng nếu Trung Quốc kiểm soát được Biển Đông thì sẽ gây ảnh hưởng bất lợi đối với tranh chấp quần đảo Senkaku/Điếu Ngư. Mục đích chiến lược của Nhật Bản là hình thành thế phối hợp tác chiến hai cánh Biển Đông và Biển Hoa Đông, từ đó cản trở hoạt động của Trung Quốc trên biển Hoa Đông. Bên cạnh đó, Nhật Bản cũng mong muốn hỗ trợ một số nước ASEAN trong vấn đề Biển Đông, để đổi lại sự ủng hộ của các nước này đối với Nhật Bản trong vấn đề Biển Hoa Đông; tạo mối liên kết giữa Nhật Bản với một số nước Đông Nam Á trong vấn đề tranh chấp trên biển, khiến Trung Quốc rơi vào cảnh phải tác chiến trên cả hai mặt trận Biển Hoa Đông và Biển Đông; đồng thời, kiềm chế sự trỗi dậy của Trung Quốc trong khu vực và trên thế giới. Nhật Bản muốn nhân vấn đề Biển Đông, tìm kiếm sự ủng hộ từ các nước ASEAN là các bên tranh chấp ở Biển Đông, đẩy mạnh viện trợ cho các nước này về kinh tế và quân sự, qua đó nâng cao hơn nữa ảnh hưởng của mình trong khu vực, hình thành một liên minh chiến lược biển để đối phó với Trung Quốc. Nhật Bản cho rằng Biển Đông như một cái hang trống, sẽ hút hết sức mạnh của Trung Quốc vào đó; Trung Quốc càng cứng rắn thì càng lún sâu tại Biển Đông, nếu giành được chiến thắng tại đây thì cũng hao tổn sức lực, ảnh hưởng đến việc phát triển của Trung Quốc, nhất là quá trình trở thành cường quốc biển thế giới.
5. Mục tiêu cuối cùng, song cũng rất quan trọng của Nhật Bản ở Biển Đông đó là nâng cao vị thế và tầm ảnh hưởng của Tokyo trong khu vực Đông Nam Á. Một mục tiêu quan trọng của Nhật Bản khi can dự vào vấn đề Biển Đông chính là tăng cường sự ảnh hưởng của nước này tại khu vực Biển Đông, tích cực can dự đối với cục diện an ninh khu vực, xây dựng hình ảnh nước lớn ở khu vực. Những năm qua, cùng với đột phá trong việc sửa đổi Hiến pháp, đặc biệt là sau khi nới lỏng nguyên tắc xuất khẩu vũ khí, Nhật Bản đã tích cực bán vũ khí cho các nước Đông Nam Á nhằm một mặt, nâng cao thực lực quân sự của các nước này, đối phó với Trung Quốc đang không ngừng trỗi dậy; đồng thời, không ngừng củng cố, nâng cao vị thế và tầm ảnh hưởng của Nhật Bản ở khu vực này.
Nhìn chung, để thực hiện được 5 mục tiêu chiến lược trên, Nhật Bản cơ bản giữ quan điểm và chính sách tích cực, như không đứng về bên nào trong tranh chấp lãnh thổ và vùng biển; chủ trương các tranh chấp phải giải quyết một cách hòa bình, tôn trọng luật pháp quốc tế, tôn trọng trật tự toàn cầu dựa trên luật pháp; đảm bảo một khu vực Ấn Độ – Thái Bình Dương, trong đó bao gồm Biển Đông được tự do và mở, các nước tôn trọng tự do hàng hải và hàng không, thương mại biển không bị cản trở ảnh hưởng đến thịnh vượng của Nhật Bản và giúp nâng cao năng lực cho các nước là các bên tranh chấp ở Biển Đông.