Tháng 4 năm 1956, theo quy định của Hiệp định Geneva, những đơn vị quân đội cuối cùng của Pháp rút khỏi Hoàng Sa, Trường Sa, Hải quân Việt Nam Cộng hòa đã ra chiếm giữ nhóm đảo Lưỡi Liềm (Nguyệt Thiềm) thuộc khu vực phía Tây và một số đảo khác trong quần đảo Hoàng Sa. Tại đây Hải quân Việt Nam Cộng hòa đã tiến hành đặt mốc chủ quyền của Việt Nam và tuyên bố chính thức thay thế quân đồn trú của Pháp. Đồng thời quân đội Việt Nam Cộng hòa cũng triển khai chiếm đóng quần đảo Trường Sa (ở một số đảo) và dựng lên cột mốc chủ quyền của Việt Nam.
Cũng trong thời gian đó, Cộng hòa Nhân dân Trung Hoa đã bí mật cho quân ra đổ bộ lên nhóm đảo An Vĩnh, trong đó có các đảo Phú Lâm và Linh Côn ở phía Đông của quần đảo Hoàng Sa và duy trì sự chiếm đóng này trong nhiều năm tiếp theo.
Đài Loan cũng được một đơn vị của Trung Hoa Dân Quốc ra chiếm đóng đảo Ba Bình (Itu Aba) và duy trì sự chiếm đóng lâu dài đảo này.
Ngày 15 tháng 3 năm 1956, một công dân Philippines tên là Thomas Cloma đã tổ chức đổ bộ lên một số đảo thuộc quần đảo Trường Sa. Ông ta hoàn toàn lấy dành nghĩa cá nhân cho rằng đã phát hiện và chiếm cứ, thực hiện ý đồ chiếm hữu một số đảo và đặt tên là “Đất tự do”.
Trước tình hình Trung Quốc, Đài Loan và người Philippines chiếm đóng và tuyên bố chiếm đóng các đảo trong hai quần đảo giữa Biển Đông, ngày 1 tháng 6 năm 1956, Bộ trưởng Ngoại giao Việt Nam Cộng hòa Vũ Văn Mẫu ra tuyên bố tái khẳng định chủ quyền của Việt Nam đối với hai quần đảo Hoàng Sa và Trường Sa.
Ngày 22 tháng 8 năm 1956 tàu HQ04 của Hải quân Việt Nam Cộng hòa đã đưa phái bộ quân sự ra thị sát, nghiên cứu và tiến hành xây dựng bia chủ quyền, dựng cờ bảo vệ quần đảo Trường Sa. Trên các đảo Nam Yết, Song Tử Tây, những bia chủ quyền này vẫn còn nguyên vị trí cũ cho đến nay.
Ngày 22 tháng 10 năm 1956, Tổng thống Việt Nam Cộng hòa Ngô Đình Diệm ra sắc lệnh số 143/NV thay đổi địa giới hành chính và đổi tên các tỉnh, trong đó tỉnh Bà Rịa – Vũng Tàu được đổi thành tỉnh Phước Tuy và quần đổi Trường Sa trực thuộc tỉnh Phước Tuy.
Ngày 4 tháng 9 năm 1958, Chính phủ Trung Quốc ra tuyên bố xác định ranh giới lãnh hải Trung Quốc là 12 hải lý. Ngày 14 tháng 9 năm 1958, Thủ tướng Chính phủ Việt Nam Dân chủ Cộng hòa Phạm Văn Đồng gửi Công thư cho Tổng lý Trung Quốc Chu Ân Lai, công nhận ranh giới 12 hải lý của Trung Quốc nhưng không đề cập đến các quần đảo giữa Biển Đông.
H.B