Bất chấp phản đối của Indonesia, Trung Quốc tiếp tục duy trì hiện diện của tàu chấp pháp và tàu cá tại vùng biển Natuna. Hành động trên của Bắc Kinh buộc Jakarta phải đưa ra các biện pháp cứng rắn để bảo vệ chủ quyền lãnh thổ, lãnh hải.
Sau khi triển khai thêm 4 tàu chiến đến quần đảo Natuna, nâng tổng số tàu có mặt tại đây lên con số 8, Không quân Indonesia (7/1) quyết định triển khai thêm 4 chiến đấu cơ F-16 tuần tra ở quần đảo Natuna nằm ở phía Nam Biển Đông. Tính đến thời điểm hiện tại, Lực lượng vũ trang Indonesia (TNI) đã triển khai ít nhất 600 binh sĩ và 2 khinh hạm chống tàu ngầm đến Natuna Lớn, đảo lớn nhất trong quần đảo Natuna. Văn phòng thông tin TNI khẳng định với Jane’s Navy International rằng đây là đợt triển khai lớn nhất về mặt nhân sự và lượng thiết bị quân sự tới quần đảo Natuna. Số binh sĩ được triển khai bao gồm từ lực lượng lính thủy đánh bộ, lục quân và phòng không. Hai khinh hạm vừa được điều đến Natuna là KRI Teuku Umar và KRI Tjiptadi. Không rõ 2 khinh hạm này có nằm trong số 4 tàu chiến mà Indonesia vừa triển khai đến quần đảo Natuna hay không. Trong khi đó, ông Imam Hidayat, người phụ trách các hoạt động trên biển thuộc Cơ quan An ninh hàng hải Indonesia (6/1) cho biết hiện có 6 tàu chiến nước này đang hiện diện ở quần đảo Natuna và thêm 4 chiếc đang trên đường đến nơi. Ngoài việc triển khai tàu chiến và binh sĩ, TNI cho hay không quân Indonesia cũng đã cho máy bay tuần tra biển hoạt động trên bầu trời quần đảo Natuna từ ngày 5/1.
Ngoài ra, Bộ trưởng an ninh Indonesia Mahfud MD (6/1) tiết lộ với giới phóng viên rằng 120 ngư dân từ đảo Java sẽ được đưa đến quần đảo Natuna để đối phó tàu Trung Quốc và bảo vệ lãnh hải. Bộ trưởng an ninh Indonesia cho biết, “chúng tôi muốn huy động các ngư dân từ bờ biển phía bắc và có thể từ những khu vực khác đến đó đánh bắt và làm những việc khác”, đồng thời nhấn mạnh Chính phủ sẽ cung cấp hỗ trợ và đảm bảo an ninh cho những ngư dân hoạt động xung quanh quần đảo Natuna.
Theo bộ Quốc Phòng Indonesia, đây là một lực lượng hùng hậu nhất từ trước đến nay được triển khai đến khu vực, cả trên bình diện phương tiện vũ khí, lẫn quân lính. Mục tiêu là để đối phó với những hành vi bị Jakarta coi là sự xâm lấn ngày càng tăng của tàu thuyền Trung Quốc vào vùng đặc quyền kinh tế xung quanh quần đảo Natuna của Indonesia. Một bản thông cáo của Quân Đội Indonesia cũng tố cáo các hoạt động đánh bắt cá bất hợp pháp được tàu tuần duyên nước ngoài bảo vệ, xem đấy là những hành động vi phạm chủ quyền của Indonesia. Lời tố cáo nhắm vào các hoạt động gần đây của lực lượng Hải Cảnh và các tàu đánh cá Trung Quốc.
Trong khi đó, Bộ Ngoại giao Indonesia tuyên bố việc tàu cảnh sát biển của Trung Quốc đang tuần tra ở phía Bắc quần đảo Natuna, làm trầm trọng thêm các tranh chấp ở Biển Đông. Ông Charles Honoris, một thành viên của Partai Demokrasi Indonesia Perjuangan (PIDP – Đảng Đấu tranh Dân chủ) đang cầm quyền ở Indonesia, đã đề nghị chính phủ tạm đình chỉ hoặc hủy bỏ hợp tác song phương với Trung Quốc. Ông Honoris cũng đề nghị Indonesia có thể tìm kiếm sự ủng hộ của các quốc gia thành viên ASEAN khác và từ chối tham gia các hoạt động đa phương do Trung Quốc khởi xướng trên các diễn đàn quốc tế. Một số quan chức thậm chí còn đề xuất mua thêm tàu tuần tra trên biển, tăng cường khả năng bảo vệ vùng biển của Indonesia.
Việc Trung Quốc bất chấp luật pháp quốc tế, đưa lực lượng chấp pháp và tàu cá đến hoạt động trong vùng biển của Indonesia là không thể chấp nhận được. Tuy bị Indonesia lên án và đưa ra các biện pháp cứng rắn đáp trả, song Trung Quốc hiện vẫn ngoan cố không rút tàu, biện minh rằng đầy là “ngư trường truyền thống của Trung Quốc”. Điều này buộc Indonesia phải tăng cường thêm lực lượng chấp pháp, bao gồm Hải quân, Không quân, Lục quân và cả ngư dân đến bảo vệ chủ quyền biển đảo. Với sự xuất hiện dày đặc của tàu chiến, máy bay của Indonesia lẫn Trung Quốc khiến vùng biển này trở nên căng thẳng, dễ xảy ra xung đột.